Многократно был замечен на протестах в Астане, руководил и принимал участие в задержаниях мирных протестующих. 22.03.2019 по его приказу была задержана журналистка телеканала «Настоящее время» Светлана Глушкова, которая освещала мирное шествие. 01.05.2019 Малыбаев вел переговоры с мирными протестующими, которые требовали освободить задержанных в тот день людей. 09.05.2019 Бахытжан Малыбаев заверял журналистов в том, что его подчиненные не задерживали протестующих, хотя в тот день было зафиксировано 5 задержаний. 03.06.2019 Малыбаев руководил действиями полицейских во время окружения протестующих многодетных матерей на площади у здания парламента в Астане. 06.07.2019 Малыбаев командовал действиями сотрудников полиции и СОБР по подавлению и задержанию мирных протестующих. В тот же день Малыбаев покрывал действия так называемых «титушек» Азамата Шайкелемова и Жигера Ахметова, которые с помощью зонтов препятствовали работе журналистов «Радио Азаттык». На просьбу журналистов обратить внимание на них, Бакытжан Малыбаев ответил: «Это же ваши люди, специально провоцируют».